Labellisée par l’Université de Bordeaux, la plateforme offre un vaste éventail d’approches pour l’étude des protéines et des complexes protéiques, à partir de cellules ou de tissus jusqu’à la molécule. Des offres customisées par projet et des collaborations sont proposées.
La plateforme BioProt du Bordeaux NeuroCampus met à disposition de nombreux équipements permettant aux chercheurs d'effectuer des études biochimiques et biophysiques sur leurs projets et propose l’expertise d’un ingénieur, Yann Rufin pour mettre au point des expériences à façon et conseiller.
Dans le cadre de prestation de service, l’ingénieur pourra proposer entre autre l’identification de domaines protéiques par l’analyse des structures 3D, la conception de protéines par bio-informatique, la conception de plasmides, la production et purification de protéines recombinantes, mais aussi des études d’interactions protéine-protéine, et la genèse de voie de signalisation customisée avec graphique.
Plusieurs types d’appareils sont accessibles tels que des centrifugeuses pour précipiter, concentrer ou séparer des protéines, organites ou structures biologiques ; des imageurs pour détecter des protéines sur un support (gel, membrane, tissu…) ; des FPLC (Fast Protein Liquid Chromatography) couplées à une large gamme de colonnes pour purifier des protéines recombinantes conçues à façon ; des lecteurs de plaques multifonctions pour analyser des échantillons (1 à 1536 puits) par absorbance, fluorescence, polarisation de fluorescence, fluorescence en temps résolu, luminescence.
Plus spécifiquement, la plateforme offre des approches spécialisées pour :
- la technologie Alpha ou Amplified Luminescent Proximity Homogeneous Assay pour évaluer les interactions protéiques
- des analyses quantitatives d’interaction protéine/ligand par titration calorimétrique isotherme
- des analyses de taille d’une protéine par Tunable Resistive Pulse Sensing et par diffusion statique ou dynamique de la lumière
- des modélisations des voies de signalisations et analyse de systèmes biologiques complexes à partir de données expérimentales (Ingenuity Pathway Analysis, Qiagen).
Yann Rufin, ingénieur d’étude sur la plateforme, apporte son assistance et son expertise pour la mise en place et l’optimisation des protocoles. Il aide également les utilisateurs pour toutes les procédures pour accéder aux ressources de la plateforme. Il forme les utilisateurs sur les appareils afin qu’ils réalisent les expériences de leur choix en tout autonomie.
Dernièrement, la plateforme a acquis un nouveau système de purification de protéine, l’ÄKTA PURE 25L, qui offre une meilleure qualité de service par un monitoring plus précis et plus fiable des paramètres de purification et enfin un Tycho NT.6 permettant d’évaluer la qualité d’échantillons de nature protéique en mesurant leurs propriétés de dénaturation thermique afin de déterminer la qualité, la similarité et la fonctionnalité d’un échantillon.
Chaque protéine nécessite un protocole de purification spécifique. Une des étapes clés est la lyse des échantillons. Actuellement, la plateforme possède 4 méthodes de lyse d’échantillon différentes avec des avantages et des inconvénients. Dans les mois à venir, la plateforme va acquérir l’émulsiflex C3 qui offre une 5ème méthode de lyse, venant pallier les désavantages des autres techniques.
La plateforme est ouverte à tous les besoins de ses utilisateurs, qu’ils soient publics ou privés et les demandes de prestation font l’objet d’un devis rapide.
Contact :
Responsable technique :
Yann Rufin