Directeur : Frédéric Saltel

Le laboratoire Inserm U1312 est spécialisé dans les cancers de mauvais pronostic et les cancers rares. Ce sont notamment le cancer du foie, le cancer du sein triple négatif, le cancer du rein, les leucémies, le sarcome, le glioblastome ou encore l’onco-dermatologie qui sont au centre des recherches du laboratoire.

Créée en janvier 2022, cette nouvelle unité regroupe 11 équipes réunies autour de 3 axes : Tumor microenvironment & cancer metabolism, Cancer genetics & molecular oncogenesis, resistance to treatment & innovative therapies.

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Directrice : Julie Déchanet-Merville

Directeur adjoint : Patrick Blanco

L’unité de recherche Immunoconcept (CNRS UMR 5164) est spécialisée dans l’étude des différents acteurs du système immunitaire dans les contextes d’infections virales, du vieillissement, du cancer et des pathologies auto-immunes/inflammatoires. Cette unité propose également une réflexion des différents concepts en immunologie par des approches de philosophie de la biologie. L’unité s’appuie sur des compétences transverses alliant des chercheurs fondamentaux (aussi bien en immunologie qu’en philosophie) et des praticiens hospitaliers. L’unité est composée de 4 équipes ayant des spécialités distinctes et complémentaires.

Équipe 1 : Contribution des Lymphocytes aux réponses Immunitaires

Direction : Julie Déchanet-Merville et Victor Appay 

L’équipe se focalise sur l’étude des fonctions des lymphocytes conventionnels (alpha/beta) et non-conventionnels (gamma/delta) dans les infections virales chroniques. Elle étudie également l’impact du vieillissement sur ces populations lymphocytaires. Pour cela, des approches aussi bien translationnelles en collaboration directe avec les équipes cliniques, qu'in vivo en utilisant des modèles expérimentaux in vivo sont mises en œuvre. 

Équipe 2 : Immunologie des cancers et des maladies inflammatoires.

Direction : Maya Saleh et Nicolas Larmonier.   

Cette équipe, alliant des approches transcriptomiques (scRNAseq), translationnelles et de modélisations expérimentales, étudie le rôle des cellules myéloïdes dans l’immunosurveillance des cancers et leur implication dans les pathologies inflammatoires comme la colite ulcérative.  

Équipe 3 : L’immunologie des Maladies auto-immunes.

Direction : Patrick Blanco et Marie-Elise Truchetet.   

L’équipe cherche à identifier les mécanismes cellulaires et moléculaires qui contribuent à l’initiation et à la sévérité des pathologies auto-immunes et inflammatoires, incluant le lupus systémique érythémateux, la sclérodermie systémique, la sclérose en plaque et l’inflammation induite par l’obésité. Ces études sont effectuées en lien direct avec la clinique mais aussi à l’aide de modèles pathologiques expérimentaux.

Équipe 4 : Médecine et Biologie conceptuelle

Direction : Thomas Pradeu et Maël Le Moine

L’équipe propose une réflexion interdisciplinaire sur les concepts, explications et modèles de la biologie actuelle. Alors que l’immunologie est centrale dans ses recherches, l’équipe  travaille également sur la microbiologie, l’évolution, la biologie des systèmes, la biologie du développement et la physiologie, parmi d’autres domaines. La méthode de cette équipe relève de ce que l’on appelle la “philosophie dans la biologie et la médecine”, qui constitue une manière nouvelle de combiner les apports de la philosophie la biologie, la biologie expérimentale et la biologie médicale.

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Directeur : Isabelle Sagot

L'Institut de Biochimie et Génétique Cellulaires (IBGC) est un institut de recherche fondamentale dédié à l'étude des fonctions cellulaires utilisant la levure, les champignons, les cellules de mammifères, la drosophile et les nématodes comme modèles biologiques.

Les fonctions et dysfonctionnements mitochondriaux sont étudiés. Ils englobent un large éventail de sujets, y compris les aspects de la biologie cellulaire tels que la dynamique de fusion-fission, ainsi que la bioénergétique et les études structurelles reliant l'organisation de la chaîne respiratoire à la biogenèse et à l'ultrastructure des mitochondries. Le rôle des mitochondries dans les fonctions normales ou pathologiques telles que l'apoptose et le cancer est étudié. Des modèles de levure de maladies génétiques ont été développés et utilisés pour le criblage de médicaments.

Le cycle cellulaire dans les modèles de levure et de drosophile est également un domaine d'intérêt majeur. Les mécanismes permettant une bonne transmission chromosomique sont remis en question ainsi que l'établissement de la polarité et les réarrangements cellulaires lors de l'entrée / sortie de la quiescence. Les mécanismes reliant la croissance cellulaire au cycle cellulaire et à la disponibilité des nutriments sont également examinés.

Les structures protéiques responsables de la mort cellulaire ou des pathologies sont explorées en utilisant la levure comme modèle pour étudier le repliement Aβ et les bases cellulaires de sa toxicité. En explorant les structures protéiques spécifiques responsables de la mort cellulaire programmée et d'autres réponses cellulaires associées à la détection du non-soi dans le modèle original de Podospora anserina.

Les approches, y compris la biochimie, la biologie cellulaire et la génétique, sont couramment utilisées par la plupart des groupes. Les méthodologies et technologies utilisées dans l'IBGC sont très diverses, y compris la cristallographie, la microscopie électronique, l'imagerie de cellules vivantes, la chromatographie, etc. Toutes les techniques étant généralement combinées à la génétique moléculaire.

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Directeur : Frédéric Bringaud

Le laboratoire MFP (Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité) est une unité de recherche dépendant du CNRS et de l'Université de Bordeaux. L'objectif de la MFP est d'accroître la compréhension générale, scientifique et de base des interactions hôte pathogène liées à la réplication et au développement de la maladie. Le but ultime est une compréhension des conséquences des interactions moléculaires à des niveaux supérieurs jusqu'à l'épidémiologie et le développement d'approches antimicrobiennes. Le MFP est actuellement composé de sept groupes travaillant sur la virologie (VIH, adénovirus, hépatites C et B, parvovirus), la bactériologie (entérobactéries, etc.), la parasitologie (trypanosomes, leishmanies, toxoplasmes) et la mycologie (Candida).

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Directeur : Didier Lacombe

Le projet de recherche de l’unité s’inscrit dans une approche translationnelle et intégrative dite "du lit du malade au laboratoire", visant à décrire la physiopathologie de certaines maladies rares (MR) et "du laboratoire vers le patient", afin de faire bénéficier les patients des avancées de la recherche.

Dans ce laboratoire, cette approche translationnelle suit deux axes de recherche :

•    Le 1er axe concerne les maladies génétiques rares du développement avec le syndrome de Goldenhar ou spectre oculo-auriculo-vertébral (OAVS) dont le déterminisme génétique est inconnu, et le syndrome de Rubinstein-Taybi lié à deux gènes connus, CREBBP et EP300.
•    Le second axe de recherche repose sur l’étude du métabolisme énergétique et lipidique dans les dégénérescences spino-cérébelleuses et les Rasopathies (syndrome de Costello et neurofibromatose de type I).

L’expertise internationale de l’unité concernant le diagnostic clinique et moléculaire de ces pathologies
a permis l’identification progressive de nombreux variants génétiques dans plusieurs gènes.
Par ailleurs, elle combine une approche fondamentale visant à élucider les mécanismes moléculaires et cellulaires impliquant les protéines liées à ces pathologies et une approche translationnelle afin de comprendre l’altération de ces mécanismes dans le déterminisme de ces pathologies. Ainsi, elle a mis en évidence des altérations mitochondriales dans certains sous-types de paraplégie spastique héréditaire et d’ataxie héréditaire. Son projet est de comprendre l’importance de la morphologie et de la fonction énergétique mitochondriale dans le développement de ces pathologies.

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Directeur : Thierry Couffinhal

L’objectif de l’unité 1034 Inserm / Université de Bordeaux est de comprendre le développement et la formation de vaisseaux dans un organe, ce qui est un enjeu majeur dans le contexte de la biologie du développement, de la médecine régénérative et de la chirurgie (maladie ischémique et transplantation) en oncologie et ophtalmologie.
Le fonctionnement normal des tissus dépend d’un apport suffisant d’oxygène dans les vaisseaux sanguins. L’athérosclérose (lésion de gros vaisseaux ou macroangiopathie) ou le diabète et l’hypertension (lésions de petits vaisseaux ou microangiopathie) réduisent le diamètre du lumen du vaisseau et de la perfusion artérielle, menant à l’ischémie tissulaire. Les angines du myocarde, infarctus et accidents vasculaires cérébraux sont de grandes causes de mortalité, mais provoquent aussi l’artériopathie des membres postérieurs, la néphropathie, la cécité, la pré-éclampsie, la neurodégénérescence et l’ostéoporose.
En réponse à une ischémie (réduction du flux sanguin et d’oxygène), une nouvelle forme de vaisseaux sanguins et une circulation collatérale sont établies afin de compenser le manque de perfusion. Ce processus naturel est très efficace chez certains patients et les protège contre les conséquences des maladies athérosclérotiques. Toutefois, ce processus de dérivation montre des variations considérables entre les patients, et les raisons de ces différences sont encore mal comprises.
Une meilleure compréhension des mécanismes de soutien à la formation et à l’entretien des vaisseaux fonctionnels post-ischémiques des tissus est un pré-requis pour améliorer le traitement des pathologies ischémiques et offrir des options thérapeutiques par la stimulation musculaire de l’angiogenèse.

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Directrice : Béatrice Turcq

TBMCore est une unité d'appui et de recherche labellisée par l’Inserm, le CNRS et l’Université de Bordeaux.
Elle regroupe depuis 2011 un ensemble de plateformes technologiques ouvertes à tous les laboratoires académiques bordelais ou nationaux. Certains laboratoires privés bénéficient également de ses services.
Le fonctionnement des plateformes est assuré grâce à du personnel spécifiquement affecté, ou mis à disposition par les laboratoires du Département Sciences Biologiques et Médicales auxquels les plateformes sont adossées. TBMCore est régulièrement soutenue par le Conseil Régional de Nouvelle-Aquitaine pour l’équipement en instruments de ses plateformes.
Les plateformes de TBMCore sont destinées à des études biologiques fondamentales et translationnelles à l’échelle tissulaire, cellulaire et moléculaire. Leur mission est un soutien technologique auprès des laboratoires, la formation des utilisateurs et l’innovation technologique.

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Directrice : Macha Nikolski

Le Centre de bioinformatique de Bordeaux (CBiB) donne accès à des ressources informatiques de haute performance, à des analyses de données et à une expertise en programmation. Ces ressources permettent aux scientifiques et aux laboratoires privés de répondre aux besoins en bioinformatique de leurs recherches de manière efficace et rentable. Il offre des technologies de pointe pour travailler avec des données cliniques, translationnelles et de sciences fondamentales - de l'acquisition et du stockage à l'analyse et au partage. Les ressources sont sécurisées et conformes aux normes. De quelques échantillons à plusieurs dizaines de milliers, le Centre d'innovation fournit des services complets d'analyse d'ADN, d'ARN, de métabolomique et de protéomique.