En 2020, alors que la France se confinait, 3 chercheurs bordelais débutaient leurs recherches sur un virus encore méconnu : le SARS-Cov2 responsable de la Covid-19.
Avec le soutien de leurs équipes (Guillaume Beucher, Marie-Lise Blondot, Alexis Celle, Noémie Pied, Patricia Recordon-Pinson, Pauline Esteves, Muriel Faure, Mathieu Métifiot, Sabrina Lacomme, Denis Dacheux, Derrick R. Robinson, Gernot Längst, Fabien Beaufils, Marie-Edith Lafon , Patrick Berger, Marc Landry, Denis Malvy), des Départements Sciences Biologiques et Médicales et Sciences et Technologies pour la Santé mais aussi de Bordeaux Imaging Center et de l’Université de Bordeaux – qui a notamment permis de recruter rapidement un CDD pour mener à bien ces recherches – et du centre d’investigation clinique de pneumologie de Bordeaux qui a collecté les échantillons des patients, les scientifiques ont publié « Bronchial epithelia from adults and children: SARS-CoV-2 spread via syncytia formation and type III interferon infectivity restriction », pour expliquer le plus faible niveau de contamination au SARS-CoV-2 des enfants.
Les mystères d’un virus inconnu
Thomas Trian n’est pas virologue, contrairement à ses deux collègues du laboratoire MFP mais travaille depuis de nombreuses années sur l’asthme.
La Covid-19 étant elle aussi une maladie bronchique et Thomas Trian ayant déjà développé des modèles cellulaires capables notamment de reconstituer les épithéliums bronchiques, il s’est associé avec Marie-Line Andreola et Harald Wodrich afin d’essayer de mieux comprendre ce nouveau virus.
Après avoir répondu à l’appel à projet de l’ANR « Flash-Covid », qu’ils ont rédigé en confinement, les chercheurs ont connu quelques difficultés pour récupérer le virus souche.
Lorsque celui-ci a été en leur possession, l’équipe de Marie-Line Andreola étant gestionnaire du laboratoire L3 de TBMCore, un box a été aménagé pour l’étude du SARS-CoV-2.
Les scientifiques ont reconstitué des épithéliums à partir de donneurs adultes et enfants et les ont infectés avec le SARS-CoV-2. L'infection a été suivie au cours du temps par imagerie et quantification du virus par RT-qPCR.
Leur première intention était de caractériser le type d’infection et découvrir quelles étaient les premières cellules infectées. Ils ont démontré qu’il s’agissait des cellules ciliées de l’épithélium.
En même temps, ils ont constaté que chez certains patients et plus particulièrement les enfants, la dissémination de l’infection ne se faisait pas de manière rapide, et que l’épithélium de ces patients était capable de contrôler l’infection.
Après avoir mesuré la réponse à l’interféron lambda chez les enfants et certains adultes capables de contenir l’infection, les scientifiques ont découvert une corrélation entre la production d’interféron lambda de manière rapide et la propagation de l’infection.
En utilisant la technique du CRISPR-Cas9, les chercheurs ont enlevé le gène de l’interféron et ont constaté que l’infection n’était pas contenue. Au contraire, les épithéliums traités avec de l’interféron réduisaient la propagation de l’infection.
De nouvelles perspectives de recherche
Mais pourquoi certaines personnes produisent plus rapidement de l’interféron que d’autres ? C’est la prochaine question à laquelle les chercheurs bordelais vont tenter de répondre grâce à une nouvelle ANR obtenue en 2021.
D’une durée de 3 ans et demi, ce nouveau projet a pour ambition de comparer les infections du rhinovirus, de l’adénovirus et du SARS-CoV-2, en gardant ce modèle d’épithéliums d’enfants et d’adultes. Parmi ces trois 3 virus, 2 ont une prévalence chez l’enfant et un a une prévalence chez l’adulte. Ils vont donc essayer de comprendre s’il y a des différences entre les épithéliums de l’enfant et de l’adulte et quelles sont-elles.