La plateforme adresse en premier lieu des projets de recherche translationnelle avec pour objectifs de proposer une aide au diagnostic afin d’analyser le protéome des biopsies, c’est-à-dire pouvoir récupérer toutes les informations protéomiques des tumeurs à partir des biopsies pour aller vers la médecine de précision, mais aussi avoir une idée du pronostic et prédire la réponse aux traitements.
Concrètement, la plateforme propose une conception du design analytique, la préparation des échantillons (coupe – microdissection) et l’envoi de lames adaptées à la microdissection, la prise en charge de l’analyse par spectrométrie de masse, le traitement des données brutes, l’analyse intégrative, mais aussi un support à l’interprétation des données.
4 personnes travaillent actuellement sur la plateforme dont Anne-Aurélie Raymond qui vient d’obtenir un poste d’ingénieur de recherche à l’Inserm avec une affectation principale au niveau de la plateforme Oncoprot mais également un bio-informaticien, Cyril Dourthe qui a développé une solution interne pour l’analyse des données et un ingénieur d’étude, Sylvaine Di-Tommaso, spécialisée en microdissection laser. C’est ce continuum d’expertises qui fait la force de la plateforme actuellement.
L’originalité de cette plateforme repose sur la combinaison et l’utilisation de 3 autres plateformes déjà existantes à Bordeaux : la plateforme d’histopathologie, la plateforme de microdissection laser et la plateforme de spectrométrie de masse. Les projets se multipliant, la plateforme s’autonomise en termes de postes et de matériel puisqu’elle va acquérir un spectromètre de masse qui sera hébergé au sein de la plateforme Protéome.
Des collaborations avec la Suisse, le Portugal et Singapour sont en cours. Ainsi, c’est plus de 2500 échantillons analysés depuis le début de la création.
Dans les prochains mois, la plateforme a pour objectif de développer une start-up en lien avec son activité translationnelle.
Contact :
Directeur scientifique :
Frédéric Saltel :
frederic.saltel@inserm.fr
Responsable technique :
Anne Aurélie Raymond :
anne-aurelie.raymond@inserm.fr
Ingénieur :
Sylvaine Di-Tommaso
sylvaine.di-tommaso@inserm.fr
Bioinformaticien :
Cyril Dourthe:
cyril.dourthe@inserm.fr
En savoir plus:
Oncoprot
Oncoprot
Créée en 2017, la plateforme Oncoprot propose l’association de la microdissection laser à la spectrométrie de masse pour une étude protéomique. Elle répond ainsi aux besoins d’analyse de la communauté biologique de manière générale concernant des structures sub-cellulaires ou tissulaires.
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