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Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB)

Dirigé par Macha Nikolski (Directrice) et Alexis Groppi (Directeur adjoint et responsable qualité), le centre de bioinformatique de Bordeaux (CBiB) est une plateforme de soutien à la recherche, spécialisée dans l’analyse de données biologiques et médicales, membre de l’infrastructure nationale « Institut Français de Bioinformatique » (IFB) et au travers duquel, le CBiB est impliqué dans les activités d’ELIXIR qui est l’infrastructure Européenne de Bioinformatique.

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Depuis 20 ans, cette plateforme dont les activités respectent la charte IBiSA des plateformes en sciences du vivant, propose l’accès à des bases de données biologiques mais assure également l’analyse de données -omiques et propose une expertise en programmation grâce à l’intelligence artificielle. De nombreux projets s’appuient en effet sur des questions de prédiction. L’intelligence artificielle peut être appliquée à l’imagerie ou à des données -omiques.
Le rôle des bioinformaticiens est d’apporter du sens aux données des chercheurs, allant jusqu’aux applications concrètes. Ainsi, suite à des travaux entre le CBiB et des chercheurs en bio-médical ou bio-végétal, des brevets ont pu être déposés. Chaque année, ce sont entre 20 et 30 projets qui sont réalisés.
La bioinformatique étant un domaine qui évolue très vite, la recherche et développement au sein de cette plateforme représente environ 30% de son activité.
Le CBiB est certifié ISO 9001 et NFX 50-900, ces certifications lui imposent une rigueur dans le suivi des projets notamment la documentation et permet une traçabilité de toutes les analyses et de toutes les procédures d’analyse. Cela pérennise également les savoir-faire au sein de cette équipe d’une dizaine de personnes, dont 4 personnels permanents.
En tant que centre de ressources de calcul pour l’analyse de données de biologie et de recherche biomédicale, le CBiB donne accès gratuitement à ses serveurs aux bioinformaticiens et biologistes formés qui peuvent ainsi effectuer les analyses eux-mêmes. La plateforme propose ainsi 2 sessions de formations par an. 392 personnes ont été formées entre 2016 et 2020. Au total, 8000 utilisateurs en moyenne par an accèdent aux ressources mises en ligne par le CBiB.
Par ailleurs, la force du CBiB est la mise à jour continuelle des logiciels disponibles sur ses serveurs de calcul et des bases de données mises à disposition. Des logiciels et bases de données spécifiques peuvent également être installés sur demande.
Avec l’appui du Département SBM et de la Fédération des Plateformes, une demande de labellisation par l’Inserm et le CNRS a été faite par le CBiB, déjà sous tutelle de l’Université de Bordeaux.

Contact :  

Directrice :
Macha Nikolski :
macha.nikolski@u-bordeaux.fr

Directeur adjoint :  
Alexis Groppi :
alexis.groppi@u-bordeaux.fr


En savoir plus:
CBiB