La plateforme OncoProt de TBMCore vient d’acquérir de nouveaux équipements, donnant lieu à une automatisation complète.
En effet, elle vient de faire l’acquisition d’un robot pipetteur (Beckman i5) permettant de standardiser la préparation des échantillons. Ce robot va ainsi permettre de gagner en efficacité en termes de préparation et en robustesse de quantification. Ce robot pipetteur est équipé d’un aimant, ce qui permet également d’automatiser des protocoles utilisant des billes magnétiques comme par exemple les immunoprécipitations ou les enrichissements par affinité. Cela permettra de fiabiliser certains résultats, un apport précieux pour la communauté cancer.
OncoProt vient également de se doter d’un robot Covaris R230. Cet ultra sonicateur focalisé permet de standardiser l’ultrasonication en contrôlant parfaitement la durée et la puissance de sonication pour une extraction protéique optimisée.
L’association des deux robots permettra la préparation d’échantillons à grande échelle en réduisant significativement le temps de préparation. Ce gain de temps permettra à l’équipe de pouvoir dédier aussi du temps au développement de nouveaux procédés.
La plateforme dispose également d’un spectromètre de masse haute résolution dernière génération (Orbitrap Exploris 480, Thermo). Celui-ci est sensible et performant et doté d’un module FAIMS, permettant de trier les ions en amont pour éliminer les ions mono-chargés afin que le spectromètre de masse ne se focalise que sur les bi, tri et quadri-chargés, que sont les peptides. Cela concoure à augmenter la profondeur des protéomes identifiées.
Enfin, la plateforme aura prochainement accès aux dernières technologies de traitement bio-informatique par intelligence artificielle, permettant, à partir des données déjà acquises, de gagner en puissance d’identification de façon significative. Depuis sa création en 2017, la plateforme OncoProt assure un support dans l’interprétation biologique et la représentation graphique des données protéomiques qui sont générées pour qu’elles soient valorisées de façon optimale.
Des serveurs de calcul viennent également de rejoindre la plateforme et se sont greffés aux serveurs de stockage du BRIC, permettant à l’équipe d’OncoProt de travailler plus confortablement.
Tous ces nouveaux équipements ouvrent de nouvelles perspectives pour la plateforme OncoProt au service des projets de la communauté cancer.
Avec un déménagement prévu début juin au 5ème étage du bâtiment Bordeaux Biologie Santé, la plateforme pourra accueillir de nouveaux projets dès la rentrée.
Par ailleurs, le regroupement des plateformes dans le bâtiment BBS présage de nouvelles collaborations pour OncoProt, dont certaines déjà établies (avec la plateforme d’Histopathologie ou VoxCell notamment).
Contact :
Directeur scientifique :
Frédéric Saltel :
frederic.saltel@inserm.fr
Responsable technique :
Anne Aurélie Raymond :
anne-aurelie.raymond@inserm.fr
Ingénieur R&D :
Sylvaine Di-Tommaso :
sylvaine.di-tommaso@inserm.fr
Bioinformaticien :
Cyril Dourthe :
cyril.dourthe@inserm.fr
En savoir plus:
OncoProt