Les équipes de recherches sur le VIH du Département SBM

Marie-Line Andreola est directrice de recherche CNRS. Elle est directrice adjointe du laboratoire MFP et responsable du laboratoire de confinement de niveau 3 de l’Université de Bordeaux, la plateforme UB’L3 de l’UAR CNRS 3427 / INSERM US 005 TBMCore. Elle est également responsable de l’équipe Andevir (Antiviral drug development, viral replication and regulation) qui travaille sur les virus pathogènes humains sur des aspects fondamentaux et translationnels en lien avec la clinique.

Dès l’apparition du SIDA, elle s’est intéressée au VIH, le virus responsable de cette maladie.  Son objectif premier était alors d’étudier le mécanisme d’action des enzymes virales pour pouvoir proposer des inhibiteurs. Elle s’est d’abord intéressée à la reverse transcriptase, et à partir des années 1995, avec son équipe, a développé des recherches contre une autre cible virale : l’intégrase rétrovirale, peu ciblée et mal connue à l’époque. Par la suite, des modèles cellulaires permettant d’étudier la réplication du virus en confinement L2 et L3 ont été mis en place afin de comprendre comment le virus se multiplie dans les cellules et proposer de nouvelles voies thérapeutiques pour limiter sa propagation. 

« Nous nous sommes intéressés à la régulation cellulaire de la réplication, c’est-à-dire l’étude des mécanismes de défense de la cellule qui tente d’empêcher le virus de se multiplier. Pour cela, nous avons recherché les protéines cellulaires qui interagissent avec certaines protéines virales clés En effet si on identifie des partenaires ayant une importance dans la réplication du virus, inhiber ces partenaires constitue une nouvelle cible pour inhiber le virus », explique la chercheuse.  

« Nous avons montré que l'intégrase est phosphorylée par GCN2, une protéine kinase cellulaire de la réponse au stress intégré, conduisant à une restriction de la réplication du VIH. De plus, nous avons découvert que ce mécanisme est conservé parmi d'autres rétrovirus. En conséquence, nous avons mis au point un test d'interaction in vitro, basé sur la technologie AlphaLISA, pour mesurer en temps réel l'interaction intégrase-GCN2.Nous pouvons ainsi tester des centaines, des milliers de molécules pour leur capacité à moduler cette interaction et à bloquer la réplication virale » poursuit Marie-Line Andreola.

Depuis toujours, l’équipe de Marie-Line Andreola cherche à trouver de nouveaux inhibiteurs qui agiraient dans les premières étapes de l’infection. Ainsi, ils ont récemment identifié des molécules ciblant directement le génome du virus en prenant avantage des structures particulières qu’il est capable d’adopter. Ces travaux novateurs suggèrent ainsi une nouvelle voie thérapeutique, comme proposé dans leur récent article dans la revue NAR.

D’un point de vue plus clinique, l’équipe est fortement investie dans l’étude des mutations de résistance du VIH, dans des études locales mais également en partenariat avec les pays d’Afrique, notamment dans le cadre de leur activité de centre de référence pour l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), géré par un membre de l’équipe Andevir, Patricia Pinson. Outre le séquençage classique (Sanger), l’équipe s’est spécialisée dans les nouvelles technologies de séquençage (Illumina, Nanopore) permettant d’accéder à des informations toujours plus précises sur le virus, sa propagation et son évolution.

Vincent Parissi est directeur de recherche CNRS, chef de l’équipe MobilVir (Mobility of pathogenic genomes and chromatin dynamics) du laboratoire MFP, il coordonne par ailleurs depuis une dizaine d’années le réseau de recherche national DyNAVIR « Dynamique chromatinienne et infection virale ».

Ce réseau regroupe plus d’une vingtaine de laboratoires s’intéressant aux questions des relations Hôtes/Pathogènes.  

Depuis sa thèse en 2001, il s’intéresse aux rétrovirus et avec son équipe, ils essaient de d’appréhender les mécanismes de mobilité des génomes pathogènes. Ils tentent de comprendre comment un agent pathogène permet à son génome d'être transféré d'un individu à un autre, d'une cellule à une autre ou au sein d'une même cellule. « La compréhension de ces mécanismes nous permet de savoir à quel moment du processus nous pourrions bloquer la réplication virale, et donc de développer des stratégies correctives » explique le chercheur.

Les recherches de l’équipe sont concentrées depuis plusieurs années sur le VIH-1, un virus qui a la capacité d'infecter une cellule, mais aussi d'intégrer son génome de manière durable et de devenir inattaquable. Ils s’intéressent plus particulièrement à la multiplication du virus dans la cellule.

Ces dernières années, les travaux de l’équipe se sont orientés vers des approches thérapeutiques avec des recherches de molécules anti-virales.

« Après avoir étudié pendant de nombreuses années les mécanismes fondamentaux, nous avons acquis une grande quantité de données qui permettent à l’équipe de proposer de nouvelles approches » souligne Vincent Parissi.

L’une des questions scientifiques qui intéresse particulièrement les chercheurs actuellement concerne les réservoirs de virus. L’équipe travaille sur deux projets basés sur des approches fondamentales qui mettent en évidence des partenaires cellulaires participant à la reconnaissance du virus arrivant dans la cellule et que celle-ci va intégrer de manière latente.

Par ailleurs, les scientifiques continuent de travailler sur des aspects d’identification de nouvelles molécules anti-virales afin de limiter la réplication du virus et proposer des médicaments toujours plus efficaces et accessibles au plus grand nombre notamment dans les pays sous-développés.